В 1999 году Шемякин, будучи замкомандира войсковой части 15565 по летной подготовке, получил от минобороны безвозмездную финансовую помощь в 370 тысяч рублей на покупку жилья. Замкомандира купил трехкомнатную квартиру площадью более 120 кв. метров в подмосковном Щелково. Ее он позже оформил в собственность. В 2008 году Шемякин переоформил квартиру на дочь.
Кроме этого в 1996 году Шемякин купил в Ногинском районе Подмосковья участок. Оформил его в собственность и построил на нем домик. В документах следствия сказано, что "жилой дом общей площадью свыше 300 кв. метров был введен в эксплуатацию и на него получено свидетельство о собственности". А в 2004 году офицеру безвозмездно в собственность для индивидуального жилищного строительства был предоставлен земельный участок площадью 17,5 сотки в подмосковном Щелковском районе. Участок также был оформлен в его собственность.
В 2007 году Шемякина назначили в Москву на должность замкомандира войсковой части 25969. Через пару лет он представил членам жилищной комиссии воинской части, председателем которой сам же и был, извещение о выделении ему в столице двухкомнатной квартиры в более чем 60 кв. метров. Шемякин предъявил фиктивную копию ходатайства начальника строительства, инженерно-технического обеспечения и расквартирования ВВС о выделении этой квартиры его семье с подложной положительной резолюцией от имени начальника расквартирования и обустройства минобороны - замминистра обороны РФ.
- Он скрыл от членов комиссии наличие у него в собственности в Московской области земельных участков и жилого дома, - подчеркнули в СКР.
Спустя месяц после получения квартиры жена генерала приватизировала жилье и быстро продала.
В начале судебного процесса генерал рассказал о том, что имеет 37 лет выслуги, награжден орденом "За военные заслуги" и имеет звание "Заслуженный военный летчик". По словам Шемякина, он побывал на двух войнах в Югославии, на двух - в Чечне, в Душанбе и в августе 2008 года - в Грузии.
В ходе следствия Шемякин свою вину не признал, ущерб, причиненный государству, не возместил. Правда, и под стражу все время следствия генерала не брали. Ему была избрана мера пресечения в виде подписки о невыезде и надлежащем поведении.
Процесс генерал проиграл. Суд назначил Валерию Шемякину наказание в виде 5 лет колонии общего режима и лишения воинского звания "генерал-майор".
Кроме этого, судом были удовлетворены исковые требования потерпевшей стороны в счет возмещения причиненного имущественного вреда на сумму 6,7 миллиона рублей.