Ученые разработали метод, ускоряющий создание лекарств
Метод, описанный в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences, позволяет гораздо быстрее по сравнению с существующими системами моделировать взаимодействие белков.
В создании алгоритма участвовал профессор татарстанского Университета Иннополис Ярослав Холодов. По его словам, новый метод дает возможность биологам ускорить и удешевить необходимые им исследования.
- На эксперименты, проводимые в лабораториях, требуется зачастую не один год и немало средств для применения оборудования и расходных материалов. Позволить себе такое могут крупные исследовательские компании. Компьютерное моделирование в этом плане гораздо доступнее, - рассказал ученый.
Как пояснил Холодов, белковый комплекс формируется с использованием трехмерных структур двух белков. Они и позволяют спрогнозировать результат взаимодействия с большой точностью. Но эта задача очень непростая с точки зрения вычислений, так как для выявления правильной ориентации двух белков необходимо проанализировать миллиарды различных конфигураций.
Существующие на данный момент системы компьютерного моделирования, а их в мире около десяти, не предназначены для одновременного просчета множества подобных процессов - они проводят мониторинг каждой отдельной конфигурации независимо друг от друга. Собственно, эта ситуация и побудила команду математиков создать новый метод, способный одновременно проводить анализ всех комплексов, что дает как минимум 10-кратное ускорение процедур.
Как отметили в пресс-службе Университета Иннополис, воспользоваться методом может любой желающий. Разработчики алгоритма открыли к нему доступ на созданном ими сервере Clus Pro. Этим специализированным онлайн-сервисом для расчета белковых взаимодействий уже пользуются около 10 тысяч исследовательских групп.