Во время раскопок, проведенных в районе Дьякова городища (южная часть музея-заповедника "Коломенское" вблизи исторического села Дьяково, древнейшее известное поселение людей на территории Москвы), было обнаружено большое количество рыбьих скелетов и чешуи, особенно останков щуки, плотвы, язя, голавля, леща, судака, стерляди и сома. Все они были найдены в слоях, датируемых V веком до н.э. Там же были обнаружены останки тайменя, крупной рыбы семейства лососевых, хотя других сведений о том, что таймень обитал в Москве-реке, за всю историю ее изучения обнаружено не было.
При раскопках в Зарядье в слоях, датируемых XIII - XVII веками, найдены останки белуги, стерляди, осетра, севрюги, щуки, леща, голавля, сома, судака. Согласно письменным источникам, в XIX - XX веках в реке Москве наиболее многочисленны были подуст, язь, елец. Загрязнение, вылов и изменение гидрорежима рек не позволили многим дойти до наших дней.
На рубеже XIX - XX веков елец, живущий в реках у дна, добывался в центре города в промышленных масштабах и был широко известен как "московская ряпушка". В результате гидростроительства реки стали заиливаться и у ельца не осталось песчано-галечниковых перекатов для нереста. Сейчас он изредка встречается на северо-западе, занесен в Красную Книгу города Москвы. Налим, "рыба-мни", в свое время дал название району Мневники, где жили ловцы этой рыбы, поставлявшие ее в Кремль.
Численность рыбы также снижена из-за исчезновения перекатов и загрязнения воды. Сегодня в Красную Книгу Москвы занесено 10 видов рыбы, которую раньше ловили в реке: голавль, язь, жерех, елец, подкаменщик, налим, подуст, чехонь, сом и линь.
Всего в черте города ихтиологи насчитали 35 видов рыб, которые относятся к 12 семействам. Большинство из них можно встретить на участках вхождения реки в город (от 25 до 27 видов), в центре их уже меньше половины, а в устье Яузы, у Краснохолмского моста, всего от 2 до 5 видов.
Полностью исчезла стерлядь, зато периодически воды столичной реки удивляют непривычным разнообразием - аномально жарким летом 2010 года в них были замечены медузы.
Сильно выросла популяция плотвы, правда, от изначального вида, "плотвы обыкновенной", она сильно отличается внешними признаками и экологическими особенностями.
Следующий по численности вид - лещ, его количество в уловах составляет 10 - 20%. Далее следуют окунь и судак, обнаруженные во всех контрольных точках Москвы. Выросла численность серебряного карася, который предпочитает илистое дно и стоячие воды.
В последнее время появились и другие виды, к ним относятся бычок-кругляк и бычок-цуцик. Хотя эта рыба предпочитает соленую воду, обитает в Черном, Азовском и Каспийском морях, она легко переносит перепады солености и температуры воды и приспосабливается к новым условиям.
Прямо в центре столицы из воды вытягивали огромных, до 50 кг, толстолобиков. В реке белый толстолобик достигает максимум 20 - 25 кг, пестрый бывает и до 62 кг. Рыбы очень крупные, питаются планктоном (водорослями, мелкими рачками), потому очень редко ловятся на спортивные и любительские снасти, так как не берут приманку. Также сейчас, согласно сводкам "Мосрыбвода", в Москву-реку ежегодно выпускается 100 тыс. мальков севрюги.
По анализам "Ростеста", выловленная в 2014 году в Москве-реке рыба оказалась не так страшна, как о ней принято говорить: свинца в образцах оказалось всего 0,06 мг на кило при норме свыше 1 мг. Мышьяк - 0,11 мг (норма не более 1 мг), кадмий - 0,001 мг (норма 0,2 мг), ртуть - менее 0,01 мг (норма не более 0,03 мг). Пестициды и нитрозамины также оказались ниже нормы.
По заключению экспертов такую рыбу даже можно есть, хотя большинство столичных рыболовов предпочитают ее все же отпускать либо отдавать кошкам.
Попытать счастья можно в любое время года, но для активной ловли знатоки советуют обращать внимание не только на погоду, но и на особенности "рыбных" точек.
На участке от метро "Коломенская" до одноименного музея-усадьбы вода становится теплой из-за промышленных стоков, из-за чего тает лед даже в холодные зимние месяцы, а участок от Коломенского и ниже (до впадения Москвы-реки в Оку) остается безо льда весь год. Участки в верховьях реки (районы Тушино и Рублево) покрываются льдом в зависимости от погоды. Говоря о времени суток, руководствуются универсальными правилами - лучший лов на джиг обеспечен перед самым рассветом и днем, до начала сумерек, на воблер с наступлением темноты до двух ночи.
Бонус для тех, кто не испугался и готов рискнуть на московскую рыбалку, - список самых "рыбных" мест столицы.
Известная точка, по словам бывалых рыбаков, находится под мостом у Новорижской трассы (протока, соединяющая Москву-реку и один из Рублевских карьеров). Обычно здесь попадаются мелкие окуни - от 100 до 300 г, хотя иногда клюют и горбачи до 600 г.
Самая интересная под Спасским мостом, где можно поймать небольшого судака (ловить советуют прямо с опоры на правом берегу, чтобы избежать зацепов). Еще одно место находится прямо под Бережковской набережной, причем здесь попадаются крупные трофеи - судаки до 3 кг, неплохие жерехи и даже сомы.
С пристани на левом берегу Москвы-реки между бывшим киноконцертным залом "Россия" и Большим Устьинским мостом можно выловить небольших судачков и окуней весом до 600 г.
Чисто "окуневыми" считаются участки от музея-усадьбы "Коломенское" до железнодорожного моста (2 - 3 км) и места в районе Братеевского моста. Не обделяют вниманием рыбаки Краснопресненскую набережную, Строгинскую пойму, а также берега в районе ЦПКиО им. Горького и Нескучного сада.
В целом состояние воды в Москве-реке сейчас соответствует "нормативам культурно-бытового водопользования", т.е. вода эта "условно чистая". Но в департаменте природопользования советуют избегать некоторых особо загрязненных участков. Причем многие из них расположены недалеко от излюбленных мест рыбалки, например, Студенец-Ваганьковский ручей, несущий вредные вещества в районе Краснопресненской набережной.
Еще один водовыпуск, несущий нефтепродукты, заключенный в коллектор "Мосводостока", находится в районе Новоданиловской набережной. Самыми проблемными признаны притоки Москвы-реки, несущие взвешенную органику и соединения железа: реки Пресня, Филька и Таракановка.