Нижняя палата высшего законодательного органа страны 10 июня 2016 года приняла постановление "О досрочном прекращении полномочий депутата Госдумы Федерального Собрания РФ Пономарева Ильи Владимировича".
Еще раньше Госдума приняла закон об отзыве у него мандата депутата за систематическое неисполнение своих обязанностей, а именно за более чем 30 дней прогулов пленарных заседаний и утрату связей с избирателями.
Кроме того в апреле 2015 года он был лишен своими коллегами депутатской неприкосновенности на основании материалов Генпрокуратуры, после чего Следственный Комитет РФ возбудил против него уголовное дело о растрате.
Пономарев уехал из России в 2015 году и с тех пор желания вернуться не изъявлял. Он сообщал, что якобы получил разрешение на временное проживание на Украине и переехал туда.
Однако последнее время чаще его замечают в столицах различных европейских государств и за океаном, в Америке, где он в прямом смысле прячется от следователей и российского правосудия.
По версии следствия, Пономарев причастен к растрате 750 тысяч долларов из средств инновационного фонда "Сколково". То есть он незаконно получил эти деньги.
Основное уголовное дело следственными органами было возбуждено против бывшего старшего вице-президента этого фонда Алексея Бельтюкова, который пытался завуалировать растрату, заключив от имени фонда договоры с Пономаревым.
Речь идет, по данным следствия, о незаконной выплате депутату многомиллионного ( в переводе на рубли ) гонорара за выполнение научно- исследовательских работ и чтение лекций.
Бельтюков также уехал за границу и тоже объявлен в международный розыск. Суд заочно выдал санкцию на арест фигурантов.
По словам Пономарева, он не считает целесообразным возвращаться в Россию для участия в следственных действиях.
Экс-депутат отмечает в Интернете, что он готов к общению со следствием по телефону, почте и даже по скайпу. Он также отвергает все обвинения в свой адрес, считая дело политически мотивированным.