Впервые с просьбой о возвращении собора Церкви летом 2015 года обратилась Санкт-Петербургская епархия. Губернатор Георгий Полтавченко ответил отказом, упомянув в том числе, что серьезной проработки требует финансовый вопрос. Теперь, по словам вице-губернатора Михаила Мокрецова, схема отработана на процедуре передачи Смольного и Сампсониевского собора, которые ранее тоже входили в состав Государственного музея-памятника "Исаакиевский собор". С повторной просьбой к Полтавченко обратился Патриарх Кирилл. "Мы не можем согласиться, чтобы храм был частью музея, - пояснил председатель Патриаршего совета по культуре, епископ Егорьевский Тихон (Шевкунов). - Полноценная жизнь Исаакиевского собора как храма - наша цель". При этом отказываться от музейной деятельности в стенах Исаакия Церковь не планирует. " Музейная деятельность будет даже расширена, - пообещал председатель Синодального отдела по взаимоотношениям Церкви с обществом и СМИ Владимир Легойда. - Церковь заинтересована, чтобы ее масштабы росли. Плата за вход в храм будет отменена, но экскурсионная деятельность будет вестись за плату".
Исаакиевский собор будет передан Церкви на правах бессрочного безвозмездного пользования, он останется в собственности города. Как пояснила руководитель юридической службы Московской Патриархии игуменья Ксения (Чернега), объекты ЮНЕСКО, к которым относится и Исаакий, должны находиться в исключительной собственности государства. Кроме того, закон, регулирующий передачу культовых сооружений религиозным организациям, не подразумевает изменения формы собственности. "Культовые объекты передают Церкви только потому, что они имеют соответствующее функциональное назначение, - отметила она. - Исаакиевский собор был построен для богослужебной деятельности".
Церковные службы в Исаакиевском соборе идут и сейчас. Порядок их проведения пока регламентирован соглашением между музейным комплексом и епархией. Точный срок передачи храма в окончательное ведение РПЦ называть пока рано. Часть предметов интерьера храма, в том числе иконостас, входит в состав Государственных музейных фондов РФ, а их оборот регулируется специальными правилами. С новым пользователем в лице Русской православной церкви необходимо заключить отдельный договор на сохранение подобных предметов, который утверждается на уровне Министерства культуры РФ.