Конечно, проще всего ответить, что так сложилось, и сложилось давно. В русском языке привычное нам "спасибо" употребляется с XVI века, а вовсе не с XX, как предполагают многие. Да, это еще один миф, о котором упоминают коллеги на интернет-портале Грамота.ру: якобы "спасибо появилось после революции 1917 года, когда "бога запретили". Это, конечно, не так. Более того, даже если позже благодарность "спасибо" имела прежний вид "спаси бог", она все равно управляла дательным падежом (кому?). В "Житии протопопа Аввакума" - а это XVII век - мы находим: "Да и мальчику тому спаси бог, которой... по книгу... ходил" (цитата по Историко-этимологическому словарю). "Спасибо - кому" - это логичная для русского языка формула: дательный падеж и указывает на объект, к которому направлено действие, на адресата. Мы и адресуем благодарность кому-то, а не "кого-то".
И раз уж мы о благодарности, грех не сказать о слове "благодарю". К нему тоже есть вопросы. Те, кто привыкли считать этимологию легкодоступным занятием, уверяют, что "благодарю" возникло из "благо дарю вам", но тогда мы неправильно благодарим друг друга! Говорить следует "благодарю вам", а не "вас"!
Ах, если бы все было так просто. Во-первых, никто не складывал "благо" и "дарить" напрямую: по утверждению языковеда В. В. Виноградова, это славянское слово - калька по греческому образцу (благоговеть, благоволить, благодарить и т.п.), то есть искусственное, книжное слово. А во-вторых, прежде в русском языке "дарили кого-то", а не кому-то. "Дарить кого-то" значило "одаривать". Как отмечает Грамота.ру, в русском языке поначалу были серьезные колебания в управлении глагола "благодарить": кого или кому. Судя по примерам из словарей, вариант "благодарить кого-то" устоялся только к концу XVIII века, но с тех пор в этом смысле все неизменно. Мы благодарим кого-то, а спасибо говорим кому-то.