В силу различных исторических обстоятельств Токийский процесс оказался непоследовательным и порой противоречивым в изобличении и наказании как военных, так и государственных преступников. Тысячи головорезов в военной амуниции, сеявшие смерть и разрушения в захваченных странах, все-таки ушли от возмездия. На скамье подсудимых оказались не все политики и генералы, направлявшие и поощрявшие убийц.
Предложения советского обвинителя о предании суду владельцев крупнейших предприятий военной промышленности были отклонены. Американские правящие круги во главе с президентом Гарри Трумэном назвали большой ошибкой Нюрнбергского процесса, что в числе обвиняемых там оказались глава крупнейшего немецкого концерна Густав Крупп и директор Рейхсбанка Ялмар Шахт.
Тем не менее факты, установленные следствием, были настолько шокирующими, что судьи попросту не могли обойти их стороной. К маю 1942 года японские вооруженные силы захватили Гонконг, Малайю, Филиппины, Индонезию, Бирму, оккупировали Таиланд и вышли на подступы к Индии и Австралии. В ходе своих операций они крайне жестоко обращались с военнопленными: отрубали головы, закалывали штыками, сжигали людей заживо.
Решение о наказании японских военных преступников было ясно выражено в Потсдамской декларации 1945 г. В ходе дальнейших дипломатических переговоров между СССР, США, Великобританией, Китаем, Францией, Австралией, Канадой, Новой Зеландией и Голландией было достигнуто соглашение о том, что главных японских военных преступников будет судить Трибунал, состоящий из представителей этих девяти государств. Позже к соглашению присоединились Индия и Филиппины.
Из представителей названных 11 стран и был сформирован Международный военный Трибунал для Дальнего Востока. Его Устав, подготовленный в основном американскими юристами и утвержденный Макартуром, существенно отличался от Устава Международного военного Трибунала в Нюрнберге, и это, несомненно, сказалось на ходе и результатах Токийского процесса.
Есть исторические доказательства, свидетельствующие о том, что генерал Макартур предпринял все возможное для защиты императора Хирохито, поскольку в планах США на послевоенное развитие тому была отведена особая роль.
Генерал Макартур хозяйствовал в побежденной Японии и правил железной рукой. Об этом можно судить, сопоставив два Устава - Нюрнбергский, разработанный и принятый на паритетных началах странами-союзниками, и Токийский, утвержденный лично Макартуром. Устав Токийского Трибунала предусматривал не паритетность участников суда, а их зависимость от американского генерала, который назначил Главным обвинителем американского адвоката Джозефа Кинана, близкого к окружению президента Трумэна, и тем самым обеспечил влияние правительства США на всю подготовку процесса.
Председателем Трибунала был назначен Уильям Уэбб, человек профессиональный, но, естественно, находившийся под политическим влиянием англо-американского блока. Характерный момент. Один из защитников заметил, что данный Трибунал должен следовать примеру Нюрнбергского процесса, но зачастую отступает от него. На что Уэбб четко сформулировал свою позицию:
- Вы ошибаетесь, утверждая, что мы копируем Нюрнбергский процесс... Мы вовсе не копируем Нюрнберг, что мы, по-моему, и не должны делать.
Именно Устав от генерала Макартура стал правовой базой деятельности Трибунала, определил порядок судебной процедуры, организацию обвинения и защиты. Например, служащие из воинской части N 731 японской армии, которая проводила эксперименты на людях с биологическим оружием с целью ведения бактериологической войны, намеренно не были предъявлены суду Токийского Трибунала. Установлен факт, что генерал Макартур секретно предоставил иммунитет ученым и врачам воинской части N 731 в обмен на то, чтобы они передали американцам свои исследования по биологическому оружию и их результаты.
Советское руководство, неудовлетворенное приговором Токийского Трибунала, приняло решение организовать новый судебный процесс над японскими военными преступниками, развернувшими производство бактериологического и химического оружия. В декабре 1949 г. перед судом предстали 12 членов японской Квантунской армии за изготовление и использование биологического оружия во время Второй мировой войны. Все 12 обвиняемых были признаны виновными в тяжких преступлениях и осуждены Хабаровским военным трибуналом к различным срокам лишения свободы от 2 до 25 лет. Однако все 12 виновных офицеров уже в 1956 г. Советским правительством были репатриированы в Японию.
Первоначально суду Международного военного Трибунала было предано 28 человек. Но еще до начала процесса князь Коноэ Фумимаро покончил собой, а во время процесса Мацуока Иосукэ, бывший министр иностранных дел, и Нагано Осами, министр военно-морского флота, умерли. Окава Сюмэй, один из авторов расистской теории японского превосходства, "отец японского фашизма", был признан невменяемым. Приговор был вынесен в отношении 25 главных военных преступников. К смертной казни через повешение приговорили семерых, двоих - к тюрьме сроком на 20 и 7 лет, остальных - к пожизненному заключению.
Казнь была назначена на час ночи 23 декабря 1948 года. Американские власти отвергли просьбу осужденных пойти на смерть в самой лучшей одежде. Тодзио (премьер-министр Японии в 1941-1944 гг.) особенно сокрушался по поводу того, что пойдет на виселицу в "лохмотьях" - американской военной спецовке, которую заключенные носили в тюрьме, ибо это противоречило традиции самураев идти в битву, откуда нет возврата, разряженными до предела. Он сочинил стихи примерно такого содержания: "Хотя я ныне ухожу, я вернусь на родину и полностью искуплю свой долг перед страной".
В ночь с 22 на 23 декабря осужденные получили напутствие от священнослужителя, выпили по чашке саке, трижды возгласили здравицу в честь императора, трижды в честь империи и проследовали на церемонию казни. Во дворе тюрьмы Сугамо приговор над семью осужденными к смертной казни преступниками был приведен в исполнение. Они были повешены в присутствии членов Союзного совета для Японии. Приговор привел в исполнение американский сержант Джон Вуд, тот самый, который выполнял аналогичную миссию в отношении главных нацистских военных преступников, осужденных Международным военным Трибуналом в Нюрнберге. Трупы затем сожгли в крематории Иокогамы, а пепел сбросили в море.
Уже в 1948 году прекратилось возбуждение соответствующих уголовных дел, а в 1951 году японскому правительству было поручено заниматься реабилитацией военных преступников. К концу 1952 года из 210 288 лиц, подлежавших ответственности, было реабилитировано 201 574 человека.
В 1952 году в связи с вступлением в силу Сан-Францисского мирного договора была объявлена всеобщая амнистия. Последний из главных японских военных преступников, осужденных в 1948 году на пожизненное заключение, вышел на свободу в 1956 году.
Слухи о том, что прах осужденных Токийским Трибуналом удалось похитить и сохранить, жили в Японии всегда. А 16 августа 1960 года на вершине горы Микэнояма около города Нагоя был открыт памятник семи главным японским военным преступникам, повешенным в 1948 году. На нем высекли надпись: "Могила семи самураев-мучеников". При открытии памятника им были возданы надлежащие почести. В январе 1964 года были посмертно награждены примерно два миллиона японцев, погибших во Второй мировой войне. Переписываются учебники, в них участие Японии во Второй мировой войне изображается так, что вызывает официальные протесты государств, пострадавших от японской агрессии.