Он проходил одним из четырех обвиняемых по делу о госизмене бывшего начальника отдела Центра информационной безопасности ФСБ Сергея Михайлова. Дело Фомченкова слушалось в закрытом режиме и особом порядке, то есть без исследования доказательств.
В конце февраля Московский окружной суд приговорил экс-полковника Михайлова к 22 годам колонии строгого режима. Сергей Михайлов, его подчиненный Дмитрий Докучаев, сотрудник "Лаборатории Касперского" Руслан Стоянов, а также Георгий Фомченков, у которого был свой интернет-бизнес, были арестованы 6 декабря 2016 года сотрудниками ФСБ. Их обвинили по статье УК о госизмене.
Фабула дела из-за грифа "секретно" не сообщалась, но по некоторым данным, измена заключалась в передаче оперативной информации, проходившей в ЦИБ ФСБ, американским спецслужбам. Как сообщалось, Михайлов и Стоянов вины не признали, а Докучаев и Фомченков пошли на сделку со следствием. Как отмечали СМИ, они признались в передаче данных американцам, но якобы считали, что это было легальное взаимодействие спецслужб двух стран по борьбе с киберпреступностью.
В итоге не признавшие вину Сергей Михайлов и Руслан Стоянов получили максимальные сроки - 22 года и 14 лет соответственно. А давший показания Фомченков получил по статье о госизмене ниже низшего предела - 7 лет строгого режима. Скорее всего, аналогичный срок получит и бывший сотрудник ЦИБ ФСБ Дмитрий Докучаев, который также заключил сделку со следствием.