Версия утечки химикатов с полигона Радыгино или с полигона Козельский не подтвердилась. Она опровергается тем, что в реке Налычева и ее притоках обнаружены животные, которые не смогли бы выжить, если бы по этим рекам происходил выброс химикатов в Авачинский залив. Также химический анализ воды из этих водоемов не выявил каких-либо значительных отклонений от нормы.
Не работает версия с ракетным топливом, так как в воде не обнаружены его компоненты, в том числе гептил. Ведущие вулканологи отклонили версию сейсмических и вулканических причин. По мнению ученых, сообщение ряда СМИ об обнаруженном с помощью анализа космических снимков судне, осуществившем выброс в заливе, заслуживает внимания компетентных органов, однако по своему масштабу выброс не мог привести к наблюдавшимся на Халактырском пляже явлениям.
Таким образом, на сегодняшний день ученые считают наиболее убедительной версию о природной причине гибели животных - вредоносном цветении водорослей ("красный прилив"). При их интенсивном цветении уменьшается содержание кислорода в воде, а сами они вырабатывают токсины, которые становятся причиной описанных явлений. В пользу этой гипотезы говорят несколько фактов. Это желтая пена, характерная для цветения микроводорослей; спутниковые снимки, на которых специалисты обнаружили широкую белую полосу прибоя, образующуюся при цветении микроводорослей; в собранных пробах воды и желтой пены ученые обнаружила токсин, вырабатываемый во время цветения определенных микроводорослей.
Таким образом итоги этой экспедиции подтвердили ранее высказанное мнение вице-президента РАН Андрея Адрианова, что загрязнение Авачинского залива произошло не по вине человека и никак не связано с сейсмической активностью, а причина в "красном приливе". Он отметил, что такие явления не редкость. Если в предыдущие годы они, в основном, концентрировались на севере полуострова - Карагинский залив, Олюторский залив и до Чукотского полуострова, - то сейчас фиксируются рекордные показатели в районе юго-восточной Камчатки. Первый в истории зарегистрированный случай отравления и гибели людей от цветения водорослей произошел в 1793 году в Канаде. С тех пор этот феномен периодически регистрируется в разных точках планеты.