Основные функции центра: содействие возвращению беженцев, содействие государственным органам Азербайджана и Армении по вопросам восстановления гражданской инфраструктуры в Нагорном Карабахе и в организации взаимодействия с международными гуманитарными организациями, координация деятельности российских госорганов и общественных организаций по оказанию гуманитарной помощи жителям Нагорного Карабаха.
В состав центра входят представители МЧС, МИД, ФСБ РФ, представители других федеральных органов власти. Решением вопросов, связанных с созданием и работой центра, займется Минобороны России.