Его признали виновным в мошенничестве при получении квартиры в Балашихе. Также суд назначил Милейко штраф в 600 тысяч рублей и лишил воинского звания генерал-лейтенанта запаса. Второму фигуранту дела - бывшему начальнику квартирно-эксплуатационного отдела дивизии им. Дзержинского Кириллу Прокудину суд назначил четыре года колонии и штраф в 400 тысяч рублей, а также лишил звания майора запаса. Кстати, Прокудин изначально заключил досудебное соглашение о сотрудничестве и дал показания на генерала, но позднее отказался от сделки.
По данным следствия генерал Милейко в 2011-2012 годах разработал преступный план и привлек для его реализации майора Прокудина. Благодаря афере было оформлено по сфальсифицированным документам на подставное лицо помещение, после чего по заниженной стоимости продано родственнице Милейко. В этом доме жена генерала, как писали СМИ, открыла парикмахерскую. Как установил суд, своими действиями Милейко нанес ущерб потерпевшему в лице управления Росимущества по Московской области на сумму в 9 млн 776 тысяч рублей. Свою вину генерал Милейко и майор Прокудин во время суда так и не признали. Осужденным в срок отбытия наказания суд зачел время, проведенное в СИЗО и под домашним арестом. Спорное помещение решением суда передано Росимуществу.
Сергей Милейко был задержан в декабре 2020 года. После этого официальный представитель Росгвардии Валерий Грибакин сообщил СМИ, что с июля 2019 года Милейко уже не занимает руководящую должность в Федеральной службе. В свое время в отношении него проводилась проверка со стороны Главного управления собственной безопасности ведомства, в связи с чем и было принято решение об освобождении Милейко от занимаемой должности и его увольнении.