Вернувшаяся в музей картина изображает Иоанна Крестителя на фоне оливково-серых толедских холмов. В процессе реставрации полотна специалисты выровняли лак по всей поверхности картины и достигли прозрачности лаковой пленки, удалили старые реставрационные ретуши и поздние записи, искажавшие колорит картины, укрепили грунт и красочный слой, восполнили утраты. В правом нижнем углу раскрыта подпись художника - Доменикос Теотокопулос. До реставрации очертания букв были едва заметны. Эль Греко родился на острове Крит и подписывал картины своим греческим именем. Юношей он переехал в Венецию, затем недолгое время пробыл в Риме и после обосновался в Толедо.
Произведение "Иоанн Креститель" поступило в Пушкинский музей в конце 1940-х годов, до этого оно находилось в берлинских собраниях. Эта картина считается лучшей из трех подобных композиций. Одна из них находится в Музее изобразительных искусств Сан-Франциско (США), вторая - в Музее изящных искусств Валенсии (Испания).