В 1990-2000-е годы Апраксин двор превратился в место не контролируемой государством стихийной торговли, стал прибежищем незаконных мигрантов и криминальных элементов. Здания комплекса ветшали и разрушались от нещадного использования и отсутствия ремонтных работ. В итоге Апраксин двор находится в неприглядном состоянии, а усилия по его реновации раз за разом проваливаются.
Наиболее известная попытка была предпринята в конце "нулевых" годов, когда крупная девелоперская компания "Главстрой-СПб" получила от города право реконструировать два больших корпуса Апраксина двора, а также возвести комплекс общественно-деловых зданий. Чтобы законодательно обеспечить поддержку от города, в 2007 году проект "Преобразование территории Апраксина двора" был признан стратегическим инвестиционным проектом Санкт-Петербурга. Однако инвестор при проектировании нового облика исторического квартала не учел большое число действующих ограничений по линии охраны объектов культурного наследия и в результате погряз в выяснении отношений как с контролирующими ведомствами, так и с многочисленными арендаторами. В итоге работы так и не начались, после чего Смольный в 2013 году не стал продлевать инвестиционный договор, а позже расторг его в судебном порядке.
В начале 2016 года было объявлено, что управляющая компания АО "Апраксин двор", полностью принадлежащая Санкт-Петербургу, приступит к работам по реновации территории квартала. Но в итоге проект реновации под руководством госкомпании ограничился красивыми презентациями.
Свет в конце тоннеля забрезжил в 2018 году, когда на реализацию утвержденной Советом по сохранению культурного наследия Петербурга концепции реновации был выбран новый стратегический инвестор - группа компаний КЦ "Питер", крупнейший после города собственник помещений архитектурного комплекса, реализовавший проекты реновации в районе Сенной площади. Но намечавшиеся работы вновь застопорились.
Прошло еще несколько лет, когда в июне 2022 года представители правительства Санкт-Петербурга и крупной строительной компании "Глоракс" подписали на ПМЭФ соглашение о намерениях по реализации проектов комплексного развития территорий, среди которых был и Апраксин двор. Однако уже в ноябре 2022 года Фондом имущества Санкт-Петербурга продолжилась "поштучная" сдача в аренду площадей в Апраксином дворе. Это противоречило самой идее комплексного развития под единым началом, а в феврале 2023 года в "Глоракс" заявили об утрате интереса к проекту, ведь договор о намерениях с городом ни к чему инвестора не обязывал.
Новые торги правами аренды на помещения и здания Апраксина двора показывают отсутствие у города каких-либо новых идей и предложений относительно передачи исторического комплекса под единое управление с целью редевелопмента. Еще как минимум на три года старые и новые временщики будут извлекать свою прибыль, не заботясь о будущем этих объектов. А городские власти раз за разом демонстрируют отсутствие видения ситуации на перспективу, ожидая очередного неразборчивого инвестора.
Впрочем, и федеральные структуры пока не в силах повлиять на ситуацию. Напомним, что 21 ноября 2022 года, после прошлогодних торгов, глава СКР Александр Бастрыкин поручил петербургским следователям провести процессуальную проверку по информации о бездействии в вопросах сохранения исторического объекта. Однако о возбуждении или же отказе в возбуждении уголовного дела по результатам проверки до сих пор не сообщалось.