Инцидент произошел около 18.00 по местному времени. Пассажирский рейс 516 направлялся из северного губернаторства Хоккайдо в столичный мегаполис Токио. При заходе на посадку в аэропорту Ханэда произошел контакт с транспортным самолетом Береговой охраны Японии, который готовился вылетать в пострадавшие от мощного землетрясения западные регионы островного государства.
Все 367 пассажиров, в том числе восемь детей, и двенадцать членов экипажа пассажирского воздушного судна были в экстренном порядке эвакуированы. После этого самолет загорелся. Все взлетно-посадочные полосы в аэропорту Ханэда закрыты.