По его словам, Токио считает введенные ограничения "совершенно неприемлемыми".
Хаяси подчеркнул, что японские власти продолжат принимать меры "для защиты компаний и деловой деятельности в России".
Накануне МИД России объявил о запрете на въезд в страну 13 граждан Японии. В список вошли, в частности, председатель правления Toyota Motor Тоеда Акио, создатель холдинговой компании RAKUTEN Микитани Хироси и другие крупные предприниматели.
Ранее директор третьего департамента Азии МИД РФ Людмила Воробьева заявила, что атмосфера отношений с Японией продолжает ухудшаться, поскольку Токио продолжает вводить все новые пакеты антироссийских санкций, которые никак не связаны с двусторонними отношениями.
"Очевидно, что в таких условиях инициировать восстановление политконтактов мы не намерены: их разрыв - это выбор японской стороны, ей и думать о будущем отношений", - заявила Воробьева.
До этого в МИД РФ отмечали, что фундамент отношений между Россией и Японией практически полностью разрушен. По словам российских дипломатов, Токио сделал "осознанный выбор в пользу прозападной линии в контексте украинского кризиса".