Патриарх Кирилл в связи с обвинениями епископа в грубых нарушениях Устава Русской Православной Церкви при управлении Выборгской епархией освободил его от управления Минусинской епархией и передал дело на рассмотрение Высшего Общецерковного Суда РПЦ.
Он же, заседая 19 июля 2024 года, рассмотрел дело и констатировал многочисленные нарушения. Например, при сдаче-приемке дел в Выборгской епархии, повлекшие за собой ущерб для епархии в крупном размере (в том числе по договорам подряда, предоставленным в епархиальное управление задним числом), а также в осуществлении контроля за порядком ведения приходской бухгалтерии, повлекшие за собой осуществление крупных трат без подтверждающих документов, многократное награждение священнослужителей богослужебно-иерархическими наградами без благословения на то патриарха и другие.
Поскольку перечисленные нарушения подпадают под действие канонических правил - правил Святых Апостолов 25, 34 и 38 и правила Антиохийского Собора 9 - Священный Синод принял решение извергнуть епископа Игнатия (Пунина) из священного сана и определить ему место пребывания для несения покаянных трудов в монашеском звании в Нижегородской епархии по усмотрению Преосвященного митрополита Нижегородского и Арзамасского Георгия и под его надзором.