По данным ФСБ, подрыв был совершен утром 5 июня непосредственно перед прохождением одного из поездов, однако машинист и поездная бригада вовремя заметили разрушение и экстренно затормозили.
С повреждениями железнодорожники справились оперативно: около 15.00 уже было открыто движение по всем путям. Однако на время устранения последствий задержались 26 поездов - 21 у Федеральной пассажирской компании (ФПК, входит в РЖД) и пять у оператора железнодорожных перевозок в Крым "Гранд сервис экспресс". Большинство составов следовали к Черноморскому побережью или обратно.
У ФПК на юг задержались 11 поездов: шесть из Москвы, два из Санкт-Петербурга, по одному из Калининграда, Тамбова и Нижнего Новгорода. С юга опаздывали десять составов: четыре из Адлера, три из Анапы, по одному составу из Новороссийска, Кисловодска и Имеретинского курорта. Среди задерживающихся у "Гранд сервис экспресса" три поезда ехали в Крым и два обратно. Пассажирам было обеспечено бесплатное горячее питание.
Следственный комитет РФ возбудил дело о теракте.
Между тем, ближе к вечеру областные власти сообщили, что поврежденные железнодорожные пути обследованы, отремонтированы и открыты для движения.