Черноморский флот является самым молодым среди всех российских военно-морских флотов. Сформировался он 13 мая 1783 года, когда на юго-западе Крыма объединились корабли двух императорских флотилий - Азовской и Днепровской. 28 судов стали основой, с которой и развивался Черноморский флот. Очень скоро он пополнился новыми судами и матросами, а его базой стал Севастополь, строить который начали в том же году.
Первое крупное сражение Черноморского флота произошло в 1788 году у острова Фидониси (современный остров Змеиный) во время Русско-турецкой войны 1787-1791 годов, в результате чего турецкий флот был разгромлен и обращен в бегство.

Под командованием адмирала Федора Ушакова Черноморский флот участвовал в таких значимых сражениях, как Керченское (8 июля 1790 года), у мыса Тендра (28-29 августа 1790 года) и у мыса Калиакрия (31 июля 1791 года). Эти победы укрепили положение России на Черном море и способствовали заключению Ясского мирного договора в 1791 году.
Одно из самых известных морских сражений - Синопское - состоялось в ноябре 1853 года, когда эскадра русского Черноморского флота под командованием вице-адмирала Павла Нахимова разгромила турецкую эскадру в течение нескольких часов. Эта морская битва вошла в историю как последнее крупное сражение флотов.

На протяжении истории командование Черноморским флотом осуществляли такие военачальники, как адмирал Федор Ушаков (в период с 1790 - 1792 годы), генерал-фельдмаршал Григорий Потемкин (с 1783 по 1791 годы), адмирал Михаил Лазарев (с 1833 по 1851 годы), адмирал Александр Колчак (с 1916 до 1917 годы), адмирал Эдуард Балтин (с 1992 по 1996 годы), а также ряд других известных флотоводцев.

Февральская и октябрьская революции 1917 года подорвали боеспособность Черноморского флота. После заключения Брестского мира 1918 года с Германией, чтобы не допустить захват кораблей немцами, большевики затопили большую часть флота в Новороссийске. Тех, кто не подчинился, захватили немцы и увели в турецкие порты. Воссоздание Черноморского флота началось уже только после окончания гражданской войны в 1921 году.
Во время Великой Отечественной войны Черноморский флот Советского Союза проявил себя героически в ходе освобождения Новороссийска и Керченско-Феодосийского десанта, активно участвовал в защите Одессы, Севастополя и Кавказского региона. В результате боевых действий были уничтожены свыше 835 вражеских судов. Около 55 тысяч черноморцев награждены орденами и медалями, 228 человек получили звание Героя Советского Союза.

Весной 2014 года военные моряки Черноморского флота повторили подвиг героев обороны Крыма XIX века - заблокировали выход из акватории Донузлава (севернее Евпатории), потопив собственные корабли прямо посреди судоходного канала. Целью было воспрепятствовать выходу судов украинского военно-морского флота из порта. Из примерно сорока стоявших на приколе старых военных кораблей были выбраны крейсер "Очаков" и несколько вспомогательных судов поменьше. Благодаря этому маневру украинские военнослужащие были вытеснены с полуострова без какого-либо вооруженного сопротивления с их стороны.

Праздник "День Черноморского флота" был учрежден приказом главнокомандующего ВМФ Российской Федерации адмирала Феликса Громова в 1996 году.

В ходе СВО одним из самых боеспособных и героических соединений показала себя отдельная гвардейская орденов Жукова и Ушакова 810-я бригада морской пехоты Черноморского флота. После освобождения Курской области от неонацистских формирований президент России Владимир Путин отметил воинов-черноморцев как особо отличившихся. До этого "черные береты" из Севастополя освобождали Мариуполь и очищали "Азовсталь", вышвырнули "побратимов" из Волновахи и Бердянска, обороняли Энергодар и Запорожскую АЭС, громили врага в Крынках, сорвали масштабные попытки ВСУ прорвать оборону российских войск на Ореховском направлении. Только за наиболее выдающиеся подвиги морские пехотинцы были удостоены орденом Мужества 990 раз. А самым высшим званием - Героя России - награждены 8 военнослужащих бригады (данные на момент освобождения Курской области).