Верхние Печеры - сравнительно молодой микрорайон. Идея его застройки возникла в 1970-х годах в связи с необходимостью наращивать объемы жилищного строительства. Тогда земли относились к Кстовскому району и находились в сельхозпользовании. Для начала строительства границу района отодвинули, а участки перевели в другую категорию. Проектирование микрорайона на 80 тысяч жителей поручили "Московскому Гипрогору", затем работу продолжил "Горьковгражданпроект".
Название "Верхние Печеры", по одной из версий, связано с Вознесенским Печерским монастырем, основанным в XIV веке монахом Дионисием, который выкопал себе пещеру на волжском склоне. От этих первых "печер" обитель и получила свое название. По другой версии, название перешло от одноименной слободы или деревни, вошедшей в состав города. Микрорайон разделен Касьяновским и Лопатинским оврагами.
Строительство началось в 1970-х годах. Дома возводили по типовым проектам, преимущественно панельным, но архитекторы пытались разнообразить облик зданий за счет цветовых решений и деталей фасадов. В некоторых домах, например в доме № 5 по улице Лопатина (1986 года постройки), планировки были достаточно просторными по меркам того времени: трехкомнатные квартиры достигали почти 63 кв. м, кухни - более 9 кв. м.
При строительстве учитывали сильные ветры в этой местности. Здания возводили так, чтобы они служили защитным экраном для других построек. Многие дома имеют полукруглую или овальную форму, что снижает парусность.
Первоначально микрорайон включал четыре квартала. Город заканчивался у современной улицы Касьянова, дальше начинались кукурузные поля. В 1986 году в новом микрорайоне открылась седьмая школа, в 1989-м - школа № 22.
Следующие четыре микрорайона Верхних Печер построили уже в 2000-х годах. В 2007 году началось строительство жилого комплекса "Печерская гряда": на тот момент планировалось возвести восемь 17-этажных домов, а также физкультурно-оздоровительный комплекс, торговые центры, многоярусную парковку и парк. Однако не все объекты были реализованы. Строительство сопровождалось задержками и недоделками, которые устраняли годами. Долгое время заброшенной оставалась многоуровневая парковка - ее снесли два года назад.
Сейчас участок бывшей парковки отдан под комплексное развитие территорий. Планируется строительство многофункционального центра с супермаркетом, кафе, фудкортом и рестораном на кровле, многоквартирного дома высотой до 30 этажей, транспортно-пересадочного узла, детского сада на 150 мест и пристроя к школе № 103. Эти проекты станут следующим этапом развития Верхних Печер.