Ранее Ботир Кудратходжаев занимал должность первого заместителя министра внутренних дел. До этого он возглавлял министерство по чрезвычайным ситуациям РУз.
По данным официальных источников, в разное время Ботир Кудратходжаев работал заместителем генерального прокурора, прокурором Хорезмской и Сурхандарьинской областей, прокурором Ташкента, а также руководил Бюро принудительного исполнения при Генеральной прокуратуре.