Точнее, проблемы очень даже запросто могут возникнуть, но только не с ударением. Слово "знахарь", существительное мужского рода, никаких сомнений при произнесении себя не допускает. Только знАхарь, и больше никаких вариантов.
Другое дело - знАхарка, слово того же значения, но женского рода. Это слово так часто и упорно произносится многими из нас неправильно, что поневоле запутаешься.
Хотя ничего сложного, если доверять словарям и иногда, пусть для проформы или любопытства ради, заглядывать в них, в этом слове нет. Во всяком случае Словарь ударений Ф. Агеенко и М. Зарвы никаких вариантов и не думает признавать: знАхарка, и все тут. Да и остальные словари ни малейшим колебаниям не подвержены: знАхарка, с ударением на А, там безусловный и единственный вариант.
Указание на то, что ударение на втором слоге (знахАрка) допустимо, вы сумеете отыскать разве что в Кратком словаре трудностей русского языка под редакцией Н. Еськовой. "Допустимо" - это значит, говоря словарным языком, что ошибка в разговорной речи грубой признаваться не будет, хотя произносить "знАхарка" будет определенно лучше и безусловно правильнее.
Слово "знАхарь", как можно догадаться, наше, исконное, старорусское.
Происхождение свое оно ведет от слова знати, то есть "знать". Поначалу "знахарем" называли того, кто попросту лучше других знал свое дело, любое дело, был его абсолютным знатоком. И только потом, через многие века, этим термином начали называть тех самых лекарей-колдунов. Случилось это, как предполагают современные языковеды, не раньше начала позапрошлого века. Ну а где знахари, там, понятное дело, и знАхарки. Кстати, запомнить легко: ударение в "знАхарке" там же, где в "знАхаре". Есть знАхари, а есть знАхарки.