Гунько уже не первый год работает в спартаковской системе. С 2008 по 2012 год он тренировал дублирующий состав "Спартака", который трижды становился чемпионом России (2008, 2010, 2012/2013). Благодаря этим успехам Дмитрий вошел в тренерский штаб при Валерии Карпине, а после ухода Карпина он стал исполняющим обязанности главного тренера "красно-белых" до конца сезона 2013/2014.
В турнирной таблице молодежного первенства текущего сезона "Спартак" идет на седьмом месте с 28 очками. Первым матчем команды под руководством Гунько станет игра против ЦСКА 29 февраля.