Назначению Гончаренко в ЦСКА предшествовало расторжение трудового контракта с "Уфой" "по обоюдному согласию сторон и в связи с переходом на другую работу".
Гончаренко начинал тренерскую карьеру в белорусском БАТЭ (Борисов) и в 2008 году стал самым молодым наставником команды - участницы группового раунда Лиги чемпионов. Затем работал в "Кубани", "Урале", помогал Слуцкому в ЦСКА (сезон 2015/16), после чего в июне 2016 года отправился в Уфу.
Команду из столицы Башкортостана он вывел в четвертьфинал Кубка страны, после 17 туров перед зимней паузой в чемпионате уфимцы в Премьер-лиге занимают восьмое место.