В начале 90-х монастырь стоял в руинах. Чудом уцелевшие стены братского корпуса покрывали следы пуль и снарядов, от Троицкой церкви остался лишь остов, храма Святого Пантелеймона и вовсе не было, повсюду каменные завалы и мусор. Сохранились лишь помещения пещерных храмов, вырезанные в скале. С них и началось возрождение монастыря. С 1992 года здесь трудились архимандрит Августин (Александр Половецкий) с братией, расчистили и отреставрировали пещерные храмы, достроили жилой корпус - и монастырь ожил. Когда настоятель погиб в 1996 году в автокатастрофе, его похоронили в монастырском дворике, созданном его руками.
Работу продолжили сподвижники и ученики Августина. Отстраивалась Троицкая церковь - единственный непещерный храм обители, где сегодня хранится частица мощей Климента римского. По фотографиям и архивным сведениям был возведен храм Святого Пантелеймона, разрушенный в годы войны (храм в византийском стиле был построен в 1888-1895 годах в честь спасения семьи Александра III при крушении поезда). Его передняя часть с алтарем вырублена в скале, а основное помещение с куполом - пристроено.
Самый древний пещерный храм монастыря появился в раннехристианский период и действует поныне. Предание связывает его с учеником апостола Петра Климентом, третьим папой римским.
- Первый пещерный храм здесь был при Клименте римском, - рассказывает насельник Свято-Климентовского монастыря монах Игнатий (Алексеев). - Это подтверждает архитектура самого храма: алтарная преграда характерна для катакомбных храмов раннего периода христианства. Похожие храмы сохранились на христианском востоке, в том числе в Сирии, и датируются первыми веками христианства, и такой же храм мы видим здесь. Позже никто храмы так не рубил. Здесь сохранился образ самого древнего пещерного христианского храма.
Климента сослали в инкерманские каменоломни в 98 году, где он продолжал наставлять сосланных христиан и проповедовать, за что в 101 году был утоплен по приказу императора Траяна. Позднее, в 7 веке, в каменоломнях Инкермана умер еще один сосланный папа римский - Мартин Исповедник.
Первый пещерный монастырь в Инкермане был основан в 8-9 веках, в период иконоборчества в Византии - здесь нашли пристанище гонимые священники и монахи. Он просуществовал до завоевания Крыма турками и снова возродился только после присоединения Крыма к России, в 1851 году. На рубеже 19-20 веков монастырь разросся, на верхнем плато была построена церковь Николая Чудотворца, а на противоположном берегу реки Черной, у средневекового пещерного храма, воздвигли церковь "Всех скорбящих радость" в память об Инкерманском сражении Крымской войны. Простояли они недолго. После Гражданской войны монастырь закрыли, церкви были разобраны или разрушены в годы войны, пещерные храмы разорены, а одну из церквей попросту засыпали отвалом грунта при добыче камня.
Кстати, в 1978 году во время выработки известняка были нарушены водоносные слои, вода ушла из источника, открытого святым Климентом, и затопила карьер. Монахи говорят, что вода в озере чистейшая и держится на постоянном уровне весь год. Считается, что это событие помешало спилить монастырскую скалу до основания. В ней сохранилось около 200 скальных помещений.
- В пещерах есть все необходимое: ложе, где монах отдыхал, вырубы под иконы и хранилище воды, дымоходное отверстие. В них по сей день все живое, - говорит отец Игнатий.
Сегодня в Инкерманском монастыре действуют шесть храмов, четыре из которых полностью находятся в пещерах. В нем живут около 25 человек, которые продолжают восстанавливать храмы и исследовать историю этого удивительного места, связанного с именем Святого Климента, высоко почитаемого в Древней Руси и повлиявшего на распространение христианства.
- Священномученик Климент - знаковая фигура в христианском становлении Руси, он связал три империи - Рим, Византию и Русь Святую, - продолжает монах. - Он взрастил и расширил духовное семя, которое посеял в Крыму апостол Андрей. За три года с небольшим здесь было поставлено более 75 церквей. Доподлинно неизвестно, скольких он крестил, но по преданиям, сотни человек в день. Народ, увидев этого святого человека, его живую веру, проповедь, подвиг, шел к нему валом. В 9 веке Кирилл и Мефодий привезли мощи Климента в Рим, после чего папа благословил ведение богослужения на церковнославянском языке. Эта историческая точка стала решающей. Через 100 лет, приняв крещение, князь Владимир увез главу Климента из Херсонеса в Киев, в Десятинную церковь.