Флинн попал под шквал критики после публикации в газете Washington Post, в которой анонимные источники из спецслужб утверждали, что советник в ходе телефонных контактов с российским послом в конце декабря 2016 года обсуждал санкции США против РФ и якобы намекал на возможность их отмены при новой администрации. На тот момент Трамп еще не приступил к исполнению обязанностей, а действующим президентом США был Барак Обама.
Сам Флинн ранее утверждал, что вообще не обсуждал вопрос санкций с Кисляком. Эту же точку зрения официально озвучивал и вице-президент Майкл Пенс, который тогда сослался на лично полученные им пояснения от Флинна.
"К сожалению, из-за высокого ритма событий я неумышленно предоставил избранному вице-президенту и другим неполную информацию о моем телефонном разговоре с послом России, - пояснил советник в официальном заявлении об отставке, опубликованном пресс-службой Белого дома. - Мои извинения были приняты президентом и вице-президентом". По словам Флинна, он "вел телефонные переговоры с зарубежными коллегами, министрами и послами в качестве будущего советника по национальной безопасности" для того, чтобы "обеспечить гладкую передачу власти и начать выстраивание необходимых отношений между президентом, его советниками и иностранными лидерами". Он назвал контакты такого рода "стандартной практикой" при передаче власти в США.
В последние дни в администрации неоднозначно комментировали ситуацию со скандалом вокруг Флинна. В понедельник советник президента Келлиэнн Конуэй заявила, что он пользуется "полным доверием" главы государства. Но пресс-секретарь Шон Спайсер сказал, что Трамп "проводит оценку ситуации". Газета The Hill утверждала, что Флинн не собирается подавать в отставку. Похоже, в конечном итоге Трамп принял решение не в пользу советника по национальной безопасности.
Исполняющим обязанности теперь назначен ветеран войны во Вьетнаме, генерал-лейтенант в отставке Кит Келлогг.
Майкл Флинн ранее возглавлял Разведывательное управление министерства обороны (РУМО) США в администрации Барака Обамы. Ушел из РУМО из-за разногласий с подходами окружения Обамы, которое он критиковал за "розовые очки" в оценках террористической угрозы. Перед своей отставкой генерал заявил, что эта угроза "не меньше, чем была накануне атак 11 сентября 2001 года". Во время предвыборной кампании стал поддерживать Дональда Трампа и являлся его ключевым консультантом по вопросам национальной безопасности. После победы Трампа был назначен на должность советника президента по национальной безопасности.
Флинн выражал интерес к налаживанию сотрудничества с Россией в борьбе с угрозой терроризма. В особых симпатиях к Москве он замечен не был. В частности, в недавно вышедшей книге "Поле боя" (англ. Field of Fight) он отзывался о России как о сопернике.
Тем не менее в местных СМИ регулярно циркулировали публикации о его связях с Россией. В основе всех домыслов лежала его поездка в Москву в 2015 году, где он поприсутствовал на ужине по случаю годовщины телеканала RT и сидел за одним столом с президентом РФ Владимиром Путиным. Сам Флинн потом много раз пояснял, что был лишь представлен президенту РФ, однако местную прессу эти объяснения не удовлетворяли. В январе в прессе появилась информация о том, что спецслужбы заинтересовались содержанием его телефонных переговоров с послом РФ в США Сергеем Кисляком в конце декабря 2016 года. В те дни администрация Барака Обамы объявила о введении новых санкций против РФ и выдворении 35-ти российских дипломатов под предлогом бездоказательно приписываемых Москве попыток влияния на выборы в США.