Пилипчук вошел в тренерский штаб москвичей в 2016 году, став ассистентом Дмитрия Аленичева. В скором времени Аленичев был отправлен в отставку, однако Пилипчук остался в клубе, продолжив работу уже в качестве помощника Массимо Карреры. Вместе они сумели привести "Спартак" к долгожданному чемпионскому титулу.
В настоящее время "красно-белые" борются за то, чтобы защитить чемпионство, однако их шансы на это кажутся минимальными. Кроме того, в СМИ регулярно появляются слухи о конфликтах внутри команды, а также о возможном уходе Карреры. Впрочем, как подчеркнул Пилипчук, его решение покинуть "Спартак", не связано ни с чем из этих обстоятельств.
"Решение о том, чтобы после этого сезона возобновить самостоятельную работу, вызревало у меня давно, - приводит слова Пилипчука "Спорт-Экспресс". - Оно никак не зависело от итогов чемпионата России, поэтому и решил сказать об этом сейчас, а не после завершения первенства. До "Спартака" я уже работал самостоятельно, за эти два года набрал знаний и опыта - и чувствую в себе силы, чтобы вновь стать главным тренером, но теперь уже на новом уровне".