Уголовное дело в отношении Капчука возбудили в 2005 году. По версии следствия, в 1997 году Сергей Капчук, который в то время занимал пост зампредставителя губернатора Свердловской области при президенте РФ, вместе с братом Константином, работавшим в структуре железной дороги, купил в Москве служебную квартиру стоимостью два миллиарда неденоминированных рублей. Деньги были выделены ГУП "Свердловская железная дорога" в счет погашения долгов по налогам перед бюджетом. Недвижимость была оформлена на супругу Сергея Капчука, а позже продана. Вырученные деньги Капчук присвоил себе. В 2005 году арестовали брата Сергея Капчука Константина. Его приговорили к пяти годам колонии, в 2007 году освободили по амнистии. Сам же Сергей покинул страну. Жил на Кипре, в ОАЭ, позже осел в Лондоне. В феврале 2018 года вошел в список бизнесменов, скрывающихся за границей и желающих вернуться домой. Список составил бизнес-омбудсмен РФ. Капчуку, как и другим предпринимателям, пообещали: в случае добровольного возвращения они не будут арестованы, их дела пересмотрят.