Единственной в мире 22-главой деревянной церкви реставрационные работы требовались неоднократно. За все годы ее ремонтировали шесть раз. Принципиальное значение имели два проекта. Это реставрация памятника в 50-х годах прошлого века под руководством А.В. Ополовникова, когда были сняты тесовая обшивка сруба и железная обивка глав. Преображенская церковь тогда вновь приобрела свой первоначальный облик. И второй проект реставрации с инженерным усилением. В церковь ввели металлический каркас, который и поддерживал ее. Храм тогда закрыли для посетителей в связи с аварийным состоянием. Внутри памятника демонтировали полы и потолки, сняли резной иконостас. В конце 90-х годов уникальный проект по масштабной реконструкции разработал Санкт-Петербургский институт "Спецпроектреставрация". В его основе - метод лифтинга. Церковь подняли на домкраты. Все семь ярусов отделили друг от друга. Это дало возможность поочередно извлекать для переборки необходимые бревна. Всего в Преображенской церкви использовано три тысячи бревен. Вес памятника - 600 тонн.
Но сначала метод лифтинга опробовали на реставрации большой часовни в деревне Чуйнаволок на Сямозере. Мастера из плотницкого центра музея-заповедника "Кижи" под руководством норвежских специалистов тогда перебрали и заменили старые бревна часовни. Именно комплексность и уникальность проекта лифтинга обеспечила максимальную сохранность памятника, как для часовни, так и для Преображенской церкви. Специалисты музея-заповедника разработали также уникальную методику лечения бревен. Они поочередно извлекали отбракованные и ставили обратно отреставрированные. "Меняли не все бревна, а частично. Только те, которые сгнили", - рассказал Александр Любимцев, руководитель службы сохранения культурно-исторических объектов музея-заповедника "Кижи".
Наконец-то демонтировали и металлический каркас. Но небольшую его часть оставили в нижней подземной территории храма, как часть истории и для страховки памятника зодчества. Теперь специалисты музея-заповедника занимаются реставрацией внутри Преображенской церкви. Делают полы и готовятся устанавливать потолок неба. Осенью займет свое место и резной иконостас. Он отличается особым великолепием и является одним из крупнейших резных золоченых иконостасов карельских храмов.
Сегодня купола Преображенской церкви сияют словно позолоченные. На самом деле новый только лемех - это осиновая черепица, которая и отсвечивает на солнце. Все внутренние конструкции главок церкви остались подлинными. Мастерам удалось сохранить 70 процентов исторического памятника. 19 августа 2020 года в праздник Преображения Господня в главном храме острова Кижи - Преображенской церкви - пройдет первая служба.