На родине Черняков обвиняется по части 4 статьи 159 УК РФ ("Мошенничество в особо крупном размере"), по части 4 статьи 159.1 УК РФ ("Мошенничество в сфере кредитования в особо крупном размере") и по статье 145.1 УК РФ ("Невыплата заработной платы").
Два года назад он был задержан и арестован по ордеру Интерпола в аэропорту польской столицы при попытке улететь в Киев.
Черняков несколько лет скрывался от российского правосудия в Великобритании, но после тяжбы с Банком Москвы в Высоком суде Лондона его заочно осудили на тюремный срок за неуважение к британскому правосудию. Бизнесмен бежал в Германию, где у него есть вид на жительство, а оттуда - в Польшу.
По версии следствия, экс-глава "Космоса" причастен к хищению кредита на 12 миллиардов рублей, выданного Банком Москвы. Первые два уголовных дела расследовали органы МВД. По версии следствия, в 2011 году НПО "Космос", которое считалось одним из крупнейших подрядчиков Москвы и строило тогда Алабяно-Балтийский тоннель в столице, получило от Банка Москвы кредит. Однако предприятие деньги так и не выплатило и обслуживать кредит перестало. Третье уголовное дело касается невыплаты зарплаты работникам уральского ООО "Космос Спецстрой". Сообщалось, что задолженность по зарплате превысила 180 миллионов рублей.