За последние годы в работе ФОМС произошли серьезные изменения. С 2013 года финансирование базовой программы ОМС началось по единым для всей страны подушевым нормативам - был сделан важный шаг к тому, чтобы программы ОМС в регионах стали бездефицитными, а люди имели равную доступность медпомощи независимо от места проживания. Была расширена базовая программа ОМС, в нее вошли высокотехнологичные дорогостоящие методы лечения. С 2016 года начал работу институт страховых представителей - они обеспечивают защиту прав пациентов. Наталья Стадченко, которая руководила ФОМС с 2012 года, назначена замруководителя Федерального медико-биологического агентства (ФМБА России).