Согласно новому формату вместо стадии 1/32 и 1/16 финала будут сформированы десять групп по три команды. В каждой из них будет по одному представителю Премьер-лиги, Футбольной национальной лиги (второй по рангу дивизион), и Профессиональной футбольной лиги (третий по рангу дивизион). В 1/8 финала выйдут десять сильнейших клубов.
Полностью список групп выглядит следующим образом.
Группа 1: "Волга", "Велес" (Москва), "Урал" (Екатеринбург)
Группа 2: "Родина" (Москва), "Енисей" (Красноярск), "Спартак" (Москва)
Группа 3: "Салют" (Белгород), "Текстильщик" (Иваново), "Арсенал" (Тула)
Группа 4: "Ленинградец" (Ленинградская область), "Чертаново" (Москва), "Уфа"
Группа 5: "Зенит" (Иркутск), "Нижний Новгород", "Химки"
Группа 6: "Знамя" (Ногинск), "Шинник" (Ярославль), "Ахмат" (Грозный)
Группа 7: "Динамо" (Ставрополь), "Крылья Советов" (Самара), "Ротор" (Волгоград)
Группа 8: "Звезда" (Пермь), "Оренбург", "Сочи"
Группа 9: "Черноморец" (Новороссийск), "СКА-Хабаровск", "Рубин" (Казань)
Группа 10: "Машук-КМВ" (Пятигорск), "Динамо" (Брянск), "Тамбов"
Важно отметить, что участники еврокубков от России ("Зенит", "Локомотив", "Краснодар", "Ростов", ЦСКА и "Динамо") не примут участия в групповом этапе. Они стартуют с 1/8 финала и будут хозяевами полей в своих парах. В отличие от предыдущих розыгрышей Кубка с 1/8 не составляется турнирная сетка.
В 1/8, четвертьфинале и полуфинале пары клубов определяются по итогам жеребьевок. На всех стадиях, если основное время матча закончится вничью, дополнительного времени не будет, а итог встречи определяются с помощью серии пенальти.