Сергей Хоружий родился 5 октября 1941 года в городе Скопин Рязанской области. В 1964 году окончил физический факультет МГУ. В 1967 году окончил аспирантуру Математического института им. В.А. Стеклова (МИАН). Доктор физико-математических наук (1976).
С 1993 года - действительный член РАЕН. Профессор философии Института философии РАН. Профессор кафедры сравнительных исследований религиозных традиций при ЮНЕСКО. Основатель и директор Института синергийной антропологии (2005). Входил в состав Синодальной библейско-богословской комиссии Русской православной церкви. Член редакционной коллегии научно-богословского альманаха "Богословские труды".
Редактор изданий трудов П. Флоренского, С. Булгакова, Л. Карсавина. Известен как переводчик и комментатор многих произведений ирландского писателя Джеймса Джойса. Совместно с В. А. Хинкисом перевел 1000-страничный роман "Улисс". Кроме "Улисса" перевел "Эпифании", повесть "Герой Стивен", первый роман Джойса "Портрет художника в юности" и сборник новелл "Дублинцы".
Также известен исследованиями исихазма и рядом трудов по теологии.