Экологи указывают, что трасса канала проходит через источники забора питьевой воды для 15-миллионного Стамбула. Специалисты опасаются, что строительство разрушит систему забора воды, притом что в последние годы мегаполис и так испытывает нехватку пресной воды из-за засух.
Источники агентства в банковских кругах Турции считают, что финансовые риски проекта слишком велики, тем более что есть риск срыва проекта на позднем этапе строительства. Канал Стамбул считают во многом политическим проектом, призванным подчеркнуть успехи правящей партии, поэтому против него активно выступает турецкая оппозиция
Канал Стамбул должен пройти на расстоянии примерно 30-60 километров к западу от Босфора и призван разгрузить этот один из самых оживленных проливов в мире.