Представители Фонда прусского культурного наследия, ранее поддержавшие проект, и сторонники популярной в Германии концепции "экологичных музеев и туризма" раскритиковали архитекторов за выбор цемента в качестве основного строительного материала. Дело в том, что на производство цемента приходится более 8% мирового объема выбросов углекислого газа - это вредит окружающей среде больше, чем выбросы всех грузовых автомобилей в мире.
Вызвала вопросы и вентиляционная система здания: по подсчетам фонда, для обеспечения ее работы потребуется в четыре раза больше энергетических ресурсов, чем в среднем необходимо для других музеев столицы. Это может ударить и по репутации Германии, которая едва ли сможет соответствовать климатическим требованиям ЕС при таком объеме выбросов газа, и по бюджету страны - стоимость проекта уже удвоилась с момента утверждения проекта. Стремительный рост расходов архитекторы объяснили сложностью проведения работ на болотистой почве, однако слов в защиту неэкологичных строительных материалов у них не нашлось.
Бундестаг принял решение дополнительно выделить из бюджета 10 млн евро на развитие престижного проекта, однако вместе с тем обязал архитектурное бюро доработать проект Музея ХХ века так, чтобы новое арт-пространство избавилось от клейма "убийцы климата".