45-летним испанский специалист начал тренерскую карьеру в 2001 году, возглавив каталонский клуб "Корнелья", где проработал 2 года. В середине 2000-х годов с перерывами являлся тренером молодежного и резервного состава "Эспаньола".
После этого Клотет перебрался в Швецию, где был ассистентом главного тренера в клубах Мальме" и "Хамстаде". А в 2012 году он возглавил норвежский "Викинг".
После возвращения в Испанию работал в "Малаге В", после этого отправился в Англию, где работал ассистентом тренера в "Суонси", "Лидсе" и "Оксфорде". В 2018-2020 годах работал в "Бирмингем Сити", которым руководил в должности главного тренера.
После этого два года испанец работал в итальянских клубах "Брешиа" и СПАЛ.