Дочь сотрудника Института химической физики академика Кондратьева, в балет она попала благодаря коллегам отца, академикам Абраму Иоффе и Николаю Семенову, который осенью 1943 года привез ее из казанской эвакуации в Москву, в школу Большого театра. Прием был завершен, но Семенов узнал, что в той же гостинице остановилась Агриппина Ваганова, главное светило балетной педагогики. Он решил проконсультироваться с землячкой, а та, услышав фамилию Семенова в соединении с именем Марина, взяла девочку за руку и отвела в школу. Позже Марина Кондратьева поняла, что Ваганова решила, будто встретила тезку своей любимой ученицы Марины Семеновой.
Окончив учебу в 1952 году, Кондратьева оказалась в Большом театре и осталась в нем более чем на 70 лет! Она сразу же начала танцевать сложные сольные партии в спектаклях, где главные роли исполняла Уланова, Лепешинская, Семенова, Плисецкая. Вскоре сложилось и ее сотрудничество с Мариной Тимофеевной Семеновой, которая оставалась наставником Кондратьевой на протяжении всей жизни. Романтический облик балерины, редкая пропорциональность фигуры и красота линий, гармоничное владение разделами техники классического танца были сформированы в выдающуюся романтическую балерину ХХ века именно видением и профессиональным вкусом Семеновой. Оценивая творчество Кондратьевой, балетный критик Наталья Чернова определила главные черты ее искусства: "Есть художники, удел которых - не взрывать привычное, не поражать дерзостью новизны, а нести в своем творчестве "память культуры - память истории", раскрывать то вечное, непреходящее, что заложено в традициях классического искусства. Марина Кондратьева пришла в наш балет танцовщицей, напоминающей о прелести лирико-романтического танца прошлого века".
Эмблемой творчества Кондратьевой стала роль Жизели. Но в то же время с юных лет она привлекала внимание всех выдающихся хореографов, работавших в Большом театре. Ей доверил свои "Золушку" и "Бахчисарайский фонтан" Ростислав Захаров, для его протагониста Леонида Якобсона она стала Сюимбике - птицей счастья из балета "Шурале" и верной Фригией в "Спартаке", Василий Вайнонен увидел ее взрослеющей Машей в "Щелкунчике" и героиней балета "Гаянэ", для Леонида Лавровского она стала Музой в "Паганини" и одной из лучших исполнительниц Джульетты.
Когда в Большой театр пришел Юрий Григорович, Кондратьева стала первой московской исполнительницей его первого балета - "Каменного цветка" (Катерина) и оставалась среди его балерин много лет, танцуя в таких его спектаклях, как "Легенда о любви", "Спартак", "Лебединое озеро", "Спящая красавица". При этом Плисецкая, фактически создавшая в театре свою альтернативную труппу, пригласила ее разделить с ней роль Анны Карениной в одноименном балете.
В 1980 году закончив карьеру балерины, Марина Викторовна Кондратьева продолжила работать в Большом театре в качестве балетмейстера-репетитора и педагога. Она вырастила несколько поколений выдающихся балерин. Среди ее учениц - Наталья Осипова, Надежда Грачева, Анна Антоничева, Нина Капцова, Екатерина Шипулина и многие-многие другие. Не одна балерина из провинции оказалась в Москве и в Большом театре.
Воспитанная в научной среде, в непростом балетном мире Марина Викторовна Кондратьева всегда выделялась интеллигентностью и выдержкой. Казалось, никакие артистические бури не заставят ее повысить тихий голос, к которому очень прислушивались профессионалы. Не только как педагог, но и как постановщик классического репертуара она много работала в Японии, была среди тех, кто стоял у истоков балета в Южной Корее. В разные годы и в родном Большом театре она ставила Большое классическое па из "Пахиты" и "Па де катр".
Марина Викторовна была не только последней соединительницей эпох - ее мягкость, гибкость, человечность вообще смягчали совсем не мягкий балетный мир. Без нее он точно обеднел.