В 1912 году было создано Новгородское церковно-археологическое общество (НЦАО) по инициативе архиепископа Арсения (Стадницкого). Исследователи отправляли запросы и собирали артефакты из всех храмов губерний для создания музея. Важно отметить, что до появления НЦАО многие книги, рукописи и иконы были уничтожены.
Таким образом, в итоге музей располагал уникальными Царскими вратами из Дымского монастыря, 149 рукописными книгами и семью иконами из Кирилло-Новоезерского монастыря. Более того, в учреждение попали Евангелие и пять наперсных крестов из Никитской церкви, а также икона Софии Премудрости Божией из храма Рождества Богородицы на Михалице.
Однако в 1917 году местные власти объявили о необходимости светлых комнат в самом центре Кремля для советских учреждений. Этот конфликт был восстановлен по документам Государственного архива новейшей истории Новгородской области (дело №1296). Настоящей "бумажной войной" этот спор назвал и. о. заведующего кафедрой теологического и исторического образования НовГУ священник Евгений Зайцев, передает "Газета.Ru".
Весной 1922 года из столицы пришло распоряжение с подписью заместителя председателя ВЦИК Авеля Енукидзе и заведующей музейным отделом Наркомпроса Натальи Седовой, жены Льва Троцкого. В телеграмме говорилось следующее: "Выселение музея... недопустимо. Порча коллекций при перевозке... неприспособленность нового помещения".
Но местные власти пытались обойти запрет. Так, они сообщали в ЦК РКП(б), что неудобные помещения мешают им продуктивно работать, что подозревают в музее "сборный пункт для митрополита и его приспешников", обвиняли его сотрудников в использовании святыни как "отделения чудотворного паноптикума" для богомольцев. Кроме того, чиновники уверяли, что осознают ценность экспонатов, и обещали выплатить 100 миллионов рублей на переезд. Такая сумма составляла в 1922 году чуть менее одного золотого червонца. Несмотря на все обвинения и обещания, научный центр удалось отстоять.
Переписка развернулась незадолго до начала широкой кампании по изъятию церковных ценностей. Вскоре сотни храмов и монастырей по всей стране были разграблены. Что касается церковных ценностей, то советское правительство рассматривало их как потенциальный обменный фонд для торговли с зарубежными странами.
Большинство сотрудников новгородских музеев были арестованы и осуждены в 1933 году. Им было вынесено обвинение в умышленном сохранении предметов религиозного культа для возрождения религии в России.