Интерес к проекту в последнее время значительно упал: за первые шесть месяцев 2012 года ему удалось собрать 32 800 евро, в это же время на поддержание работы и зарплату сотрудникам было потрачено 246 600 евро. Финансовая ситуация ресурса ухудшалась постепенно. В 2011 году Викиликс потратил 660500 евро, а получил от пожертвований всего 139400 евро. Хотя еще в 2010 году, когда Викиликс публиковал секретные документы США, всего за три дня было собрано более 660 000 евро.
Согласно данным немецкой финансовой организации, которая ведет бюджет ресурса, сайт тратит 20000 евро на общую и техническую инфраструктуру, 104900 евро на рекламу и внешнюю коммуникацию, 97700 евро на логистику, 17900 евро на юридические консультации и 6100 евро на администрирование. Еще в декабре 2010 года сумма средств, находящихся в распоряжении сайта составляла 800 000 евро, и не предполагалось, что у Викиликс возникнут проблемы с финансами.
Тому, что сегодня у портала почти не осталось денег на продолжение работы, "посодействовали" платежные системы Visa, MasterCard и Western Union, которые отказались переводить средства на счета Викиликс. В связи с этим ресурс потерял почти 90 процентов дохода во второй половине 2011 года. В Исландии представители проекта Джулиана Ассанжа выиграли суд у компании Valitor - местного оператора платежных систем Visa и MasterCard. Но эти системы все равно продолжают блокировать прием пожертвований для проекта. Средства можно перевести лишь через французскую платежную систему Carte Bleue.