Вместе с лейтенантом Евгением Долгиным из города Остров Псковской области он на вертолете Ми-25 помог отразить прорыв боевиков в районе Пальмиры. Истратив весь боекомплект, воздушная машина российских пилотов попала под обстрел и была сбита.
Траурная церемония в Кореновске собрала около трех тысяч человек, пришедших проводить в последний путь легендарного летчика, грамотного командира и героя. Хабибуллин принимал участие в грузино-южноосетинском и грузино-абхазских конфликтах, в обеих чеченских кампаниях. За свою военную карьеру пилот спас жизни более 40 солдат и офицеров, получивших тяжелые ранения, которых он эвакуировал из зоны боевых действий.
В бесконечно длинной очереди среди других жителей Кубани проститься с Ряфагатем Хабибуллиным пришли губернатор Краснодарского края Вениамин Кондратьев и председатель законодательного собрания региона Владимир Бекетов, главком ВКС России Виктор Бондарев, командующий войсками Южного военного округа Александр Дворников, весь личный состав 55-го вертолетного полка, жители Кореновска.
Также в траурном митинге приняли участие родные и близкие Хабибуллина, в том числе его жена и два сына, старший их которых пошел по стопам отца и сейчас служит летчиком-инструктором в ВКС России.
Погибшему пилоту, который стал легендой еще при жизни, отдали все необходимые воинские почести. Из штаба военного округа в Кореновск специально прибыла рота почетного караула, которая сопровождала гроб с телом Хабибуллина. Во время мероприятия также были выставлены награды полковника: два Ордена Мужества и орден "За заслуги перед отечеством".
- Сегодня мы прощаемся с героем, с летчиком-асом, который жил и погиб в небе, - подчеркнул губернатор Кубани во время выступления на траурном митинге. - Он поставил на крыло многих других летчиков, своих сослуживцев. Это его заслуга. В Сирии Хабибуллин был с миротворческой миссией. Он знал, что терроризм надо остановить. Сейчас вместе с нами скорбят тысячи кубанцев, которые считают за честь быть земляками такого человека. В Сирии полковник Хабибуллин совершил подвиг и подтвердил, что в России всегда были и будут герои, которые готовы до конца выполнять свой долг. Светлая ему память!
- Отец всегда нас учил идти только вперед, не оглядываться назад, - сказал сын погибшего пилота, капитан ВКС России Руслан Хабибуллин во время прощания. - Учил быть честным, трудолюбивым. Он погиб как герой. И я хотел бы, чтобы наше молодое поколение было похоже на него.
В завершение траурного мероприятия над площадью Ленина пролетели звенья боевых вертолетов Ми-35 и истребителей Су-27, военный оркестр исполнил гимн России, а почетный караул дал залп салюта.