Само дело было возбуждено еще в 1993 году после обнаружения группового захоронения в окрестностях Екатеринбурга.
Следствие пришло к выводу, что останки принадлежат расстрелянным в ночь с 16 на 17 июля 1918 года членам Российского Императорского дома - бывшему российскому Императору Николаю II, императрице Александре Федоровне, их детям (великим княжнам Ольге Николаевне, Татьяне Николаевне и Анастасии Николаевне), а также лейб-медику Евгению Боткину, домашней девушке Анне Демидовой, повару Ивану Харитонову и лакею Алексею Труппу.
Через пять лет дело было прекращено в связи со смертью лиц, совершивших преступление. Однако в 2007 году оно было снова открыто после того, как во время поисков останков цесаревича Алексея и великой княжны Марии Николаевны рядом с местом предыдущего захоронения были найдены фрагменты костей и зубы двух человек (женщины и ребенка) с признаками воздействия высокой температуры. Эксперты установили, что останки действительно принадлежат детям российского императора Николая II, после чего дело снова было прекращено.
В 2015 году по просьбе Русской православной церкви в соответствии с указанием председателя правительства РФ Дмитрия Медведева создана межведомственная рабочая группа по вопросам, связанным с исследованием и захоронением находящихся в Государственном архиве РФ останков цесаревича Алексея и великой княжны Марии.
В итоге группа предложила провести дополнительные исследования объектов, ранее недоступных следствию - останков великой княгини Елизаветы Федоровны (сестры супруги Николая II), находящихся в Иерусалиме, и образцов крови с мундира Александра II (деда последнего русского императора), погибшего от рук террористов в 1881 году. Для проведения идентификационной экспертизы и потребовалось эксгумировать останки Николая Второго и его супруги.
- Кроме того, в задачу следствия входит изучение архивных материалов, обнаруженных после 2011 года и связанных с "белогвардейским" следствием, проводившимся в 1918-1924 годах, а также с судьбой вещественных доказательств по данному уголовному делу, - отметил руководитель управления взаимодействия со средствами массовой информации СК РФ Владимир Маркин. - Руководством Следственного комитета принято решение о возобновлении предварительного расследования для проведения указанных исследований и следственных действий.