Как оказалось, после установки большого октябрьского обновления, которое вышло 2 октября, на компьютерах пользователей стали пропадать файлы, в частности из папки "Мои документы" - операционная система просто стирала их, без разрешения пользователей.
Предположительно, проблема связана с некорректной работой синхронизации с хранилищем OneDrive. При этом восстановить потерянные файлы все же можно - они находятся в папке /windows.old на системном диске.
В настоящее время Microsoft рекомендовала связаться со службой поддержки всем, кто автоматически получил обновления, и отменить обновления тем, кто их установил вручную. Исправленное обновление ожидается 9 октября.