Машина была разработана еще в 1937 году по инициативе Вернера фон Брауна, любопытной личности, который с 1943 по 1945 годы был штурмбанфюрером СС, а после войны был вывезен в США. Этот создатель баллистических ракет считается в Америке одним из основоположников современного ракетостроения и отцом американской космической программы.
В 1937 году фон Браун разработал концепцию ракетного перехватчика, который будет запускаться вертикально, атаковать позиции противника и совершать вертикальную посадку. Два года спустя он представил свое предложение в Люфтваффе (Имперское министерство авиации) (RLM), однако его шеф Герман Геринг ответил вежливым отказом со словами: "Мы позвоним вам". Специалисты министерства оценили концепцию самолета как "ненужную и неосуществимую", но идея распространилась среди боссов немецкой авиационной промышленности, достигнув руководства компании Fieseler Werke. Ее технический директор Эрих Бачем пришел к выводу, что вертикально запущенный перехватчик является передовой идеей.
В феврале 1944 года союзнические силы усилили бомбардировки немецких городов и авиационной промышленности страны, вынудив люфтваффе к организации ответных атак. Воздушная кампания была дорогостоящей для обеих сторон, но Соединенные Штаты и Великобритания смогли заменить потерянные самолеты, а у немцев такой возможности не оказалось. Поскольку стратегические запасы для военных действий Германии были крайне ограничены, RLM в июле выдвинула требования, чтобы недорогой истребитель был изготовлен из второстепенных материалов, которые при минимальных затратах и усилиях позволили бы сбивать вражеские бомбардировщики и защитить важные стратегические цели. В августе немецкие промышленники Юнкерс, Хейнкель и Мессершмитт представили свои планы по созданию новых самолетов. Однако в итоге люфтваффе выбрало проект Бачема, загруженного ракетами и сделанного из дерева самолета, построенного по минимальным ценам бывшими мебельщиками, работающими в скудно оборудованных цехах. Самолет с едва обученными пилотами, которые должны были только управлять им в течение последних нескольких секунд полета, был приспособлен лишь для одного запуска. Подразумевалось, что после пуска 24 бомб с борта пилот, которому изначально была уготована роль камикадзе, должен катапультироваться, а сам самолет упасть на землю.
Гиммлеру эта идея понравилась, и он заказал 150 таких "бомбардировщиков". Бачем получил контракт, и его самолет получил имя - Natter , "гадюка" по-немецки. При этом люфтваффе, заказавшее еще 50 таких самолетов, крайне неохотно согласилась с этой идеей, но слово Гиммлера оказалось решающим. "СС под руководством Гиммлера почувствовало, что эта структура является настоящим олицетворением национал-социализма, - полагает Майкл Нойфельд, старший куратор Национального музея авиации и космонавтики и автор биографии "Фон Браун: мечтатель космоса, инженер войны". - Они верили, что действительно являются организацией, которая собирается спасти Германию от катастрофы, и начали финансировать множество странных проектов".
Всего за несколько месяцев - к ноябрю 1944 года - опытные образцы Natter были готовы к летным испытаниям. Одной из причин быстрого прогресса программы - помимо ее высоко мотивированной рабочей силы - было то, что самолет был очень прост в изготовлении. Крылья Natter были обычными прямоугольными деревянными досками без планок, закрылков или элеронов. Его фюзеляж длиной около 5,5 метра был ничем не примечательным, кроме системы стрельбы для 24 ракет класса воздух-воздух, заложенных в носу. Кабина была тесной и имела минимальное оборудование. Изюминка заключалась в крестообразном хвосте самолета, где управляющие поверхности четырех плавников действовали согласованно, обеспечивая контроль рыскания, тангажа и крена. Ракетный двигатель HWK 109-509 работал на жидком топливе - том же, что приводил в действие истребитель Messerschmitt Me 163 Komet, разработанный Хельмутом Вальтером, инженером, который изобрел подводные и торпедные двигатели, а затем работал на военно-морской флот Великобритании.
При этом абсурдности ситуации добавил и тот факт, что Ba 349 Natter лишь однажды поднялся в воздух, и эта история закончилась трагедией. Самолет упал через несколько минут после взлета, а молодой пилот-испытатель Лотар Зибер, который в 1943 году из-за пьянства был переведен из офицеров в капралы, погиб в конце февраля 1945 года.
Тем не менее, в 1945 году в Германии было произведено 36 таких моделей, при этом 18 были впустую потрачены на беспилотные испытания. Еще шесть были уничтожены сотрудниками Бачема, прежде чем союзные войска смогли заполучить их. В мае 1945 года - после того, как оставшиеся самолеты вместе с пилотами и рабочими были перевезены в австрийский Сен-Леонхард, американские солдаты захватили четыре Natter вместе с документацией, ракетами и запасными частями. В 1949 году ВВС США передали один из захваченных ракетных самолетов в Смитсоновский институт, где он демонстрировался в течение многих лет. Сейчас он находится на хранении, в ожидании восстановления. Немецкому музею в Мюнхене также принадлежит еще один Natter.