Наиболее успешным применение стало в составе иракских ВВС. Например, во время продолжительного конфликта с соседним Ираном "двадцать пятые" не только сбивали самолеты различных типов, но и использовались для ударов по целям, находящимся на земле.
В 1991 году в ходе войны в Персидском заливе известен случай, когда одиночный МиГ-25 атаковал группу из десяти F/A-18 Hornet и сумел сбить один из таких истребителей-бомбардировщиков.
Есть данные и об уничтожении F-15С Eagle, но они не подтверждены официально.
В воздушных боях потеряно две "Летучие лисицы", причем американским пилотам приходилось задействовать большое количество средств поражения, чтобы добиться результата.
Известен случай, когда по МиГу было выпущено с десяток ракет, но он увернулся от них и благополучно вернулся на базу.
В 90-е годы эксплуатация уцелевших самолетов из-за проблем с запасными частями становилась все более сложной. Тем не менее отдельные машины поднимались в небо уже в новом веке.
В декабре 2002 года над Ираком прошел последний воздушный бой с участием МиГ-25. Истребителю пришлось сразиться с необычным противником - беспилотным разведывательным аппаратом США RQ-1 Predator. Причем дрон был вооружен модернизированными ракетами "воздух-воздух" типа Stinger и попытался атаковать ими перехватчик, но безрезультатно.
Однако хватило одного попадания иракской гиперзвуковой ракеты Р-40, чтобы БПЛА превратился в горящие обломки.
Во время американской агрессии в 2003 году вся саддамовская авиация была прикована к земле и в боевых действиях не участвовала.
Уже после оккупации страны обнаруженные МиГ-25 давили танками M1 Abrams, хотя неисправная техника никакой особой угрозы для контингента США уже не представляла.