НКЦКИ был создан приказом директора ФСБ России Александра Бортникова в июле 2018 года. Центр призван координировать борьбу с компьютерными атаками на инфраструктурные объекты страны. По словам Николая Мурашова, обстановка в глобальном информационном пространстве остается напряженной. Наибольшая доля атак, по его словам, по-прежнему нацелена на органы госвласти и предприятия промышленности. Все такие атаки, пояснил замглавы НКЦКИ, направлены на внедрение вредоносного ПО в целях хищения сведений.
Кроме больниц были отмечены случаи атак на информационные ресурсы Центризбиркома, Общественной палаты РФ и различных органов госвласти. Много хакерских атак было отражено во время проведения общероссийского голосования по внесению изменений в Конституцию РФ и Единого дня голосования.
В марте 2020 года была зарегистрирована атака на портал системы образования Алтайского края. В апреле от Сбербанка поступила информация о двух крупномасштабных атаках. "В результате анализа данных НКЦКИ направил в адрес российских мобильных операторов, зарубежных компаний и центров реагирования на компьютерные инциденты более 250 уведомлений, - отметил Николай Мурашов. - Это позволило прекратить вредоносную деятельность в отношении российских информационных ресурсов".
В НКЦКИ подчеркнули, что во время пандемии коронавируса не зафиксировано увеличение числа успешных кибератак.