Его признали виновным в мошенничестве и получении взятки в 850 тысяч долларов. Суд также лишил его звания подполковника и взыскал в пользу потерпевших 637 млн рублей. А еще Черкалина лишили госнаград и запретили занимать должности на госслужбе в течение трех лет после освобождения. Дело было рассмотрено в особом порядке. Черкалин признал вину, раскаялся, сотрудничал со следствием и дал показания на других сотрудников ФСБ.
По версии следствия, в 2013-2015 годах Черкалин получил взятку в 850 тысяч долларов от руководителя фирмы за общее покровительство. Что касается обвинения в мошенничестве, то, по данным следствия, бывший подполковник с другими сотрудниками ФСБ ввел в заблуждение бизнесмена Сергея Гляделкина, убедив передать долю в уставном капитале компании "Юрпромконсалтинг" на 490 млн рублей. За это бизнесмену пообещали прекратить уголовное преследование, которое ставило под угрозу реализацию его проектов по строительству жилья в Москве. Под стражу по этому делу заключены еще два бывших сотрудника центрального аппарата ФСБ Андрей Васильев и Дмитрий Фролов. Материалы в отношении Черкалина были выделены в отдельное производство. После задержания в апреле 2019 года у Черкалина и еще двух фигурантов было обнаружено в общей сложности рублей и валюты на 12 млрд рублей.