Летчик-легенда, по словам сослуживцев, был настоящим героем и за свою военную карьеру спас жизни более 40 солдат и офицеров, получивших тяжелые ранения, которых он эвакуировал из зоны боевых действий. Причем делать это приходилось в сложнейших условиях, зависая над горными ущельями под прямым огнем террористов. Дважды его подбивали, но у Хабибуллина получалось доводить винтокрылую машину до аэродрома.
Легендарный летчик принимал участие в грузино-южноосетинском и грузино-абхазских конфликтах и в обеих чеченских кампаниях.
Когда начался военный конфликт в Сирии, Хабибуллина - к тому времени уже в должности командира полка - отправили с Кубани в ближневосточную республику в составе российского контингента войск. Как военный инструктор, он помогал сирийским военным осваивать вертолет огневой поддержки Ми-25.
Восьмого июля 2016 года полковник Ряфагать Хабибуллин и лейтенант Евгений Долгин (он из небольшого города Остров Псковской области) совершали очередную облетку Ми-25 с полным боекомплектом в сирийской провинции Хомс. По данным Минобороны России, "в этот момент восточнее Пальмиры крупный отряд боевиков ДАИШ атаковал позиции сирийских войск и, прорвав оборону, стремительно продвигался вглубь района, создав угрозу захвата господствующих высот". Резервных подразделений армии Сирии, которые могли бы преградить путь боевикам, в этом районе не было.
Российский экипаж "получил запрос от сирийского командования группировки на огневое поражение наступающих террористов. Командир Ми-25 Ряфагать Хабибуллин принял решение атаковать. Грамотными действиями российского экипажа наступление боевиков было сорвано".
После того как экипаж истратил весь боекомплект винтокрылой машины, Ми-25 стал разворачиваться на обратный курс, но сам попал под обстрел. Вертолет упал в зоне, подконтрольной сирийской правительственной армии. Экипаж погиб. Тела Ряфагатя Хабибуллина и Евгения Долгина были оперативно эвакуированы из зоны боевых действий.
В кубанском городе Кореновске, где Хабибуллин руководил вертолетным полком, проститься с легендарным летчиком пришли несколько тысяч человек.
Из Кореновска гроб с телом полковника специальным военно-транспортным самолетом доставили в Сызрань, где находится авиационное училище, которое он окончил. Похоронили героя в Ульяновской области - в селе Вязовый Гай.
У Хабибуллина остались жена и двое сыновей, младший из которых закончил 11-й класс, а старший пошел по стопам отца и сейчас служит летчиком-инструктором в ВКС России.