14 апреля 1999-го года Виктор Черномырдин был назначен Борисом Ельциным специальным представителем Президента РФ по урегулированию конфликта в Югославии. Вот как он сам описывает свое назначение в книге "Вызов": "Ельцин был прям и краток…
- Я хочу назначить вас специальным представителем по урегулированию конфликта.
- Борис Николаевич, какой я дипломат?
- Виктор Степанович, вы много лет работали Председателем Правительства. Всех знаете лично, со всеми встречались. И вас все знают как человека дела".
Черномырдин не был кадровым дипломатом, его преимуществом был опыт: он умел находить компромиссы разных сил. Бомбардировки Югославии начались 24 марта в 20:00. Формальным поводом для них стали обвинения в адрес официального Белграда в проведении этнических чисток против албанского населения Косова.
Черномырдин так оценивал ситуацию: "…После развала Югославии, на ее бывшей территории начались ожесточенные боестолкновения между сербами, с одной стороны, и хорватами и албанцами - с другой. Были и "косовские албанцы" - мусульмане, компактно проживающие в Автономном крае Косово и требовавшие независимости… Боевые действия всех сторон - албанцев против сербов, сербов против хорватов, хорватов против сербов - отличались жесткостью и жестокостью. Но обвинить во всех смертных грехах и показательно наказать решили одну Сербию".
23-го марта Белград отказал НАТО в выводе своих войск из Косова и вводе контингента альянса. На следующий день начались авиаудары. Перед Черномырдиным стояла задача не только прекратить войну в Югославии, но и упрочить позиции России на международной арене. Он отправился в Белград на переговоры с президентом Югославии Слободаном Милошевичем. Тот хотел прекратить бойню, но не соглашался на уступки НАТО. Более того, позже Милошевич и вовсе заявил, что Сербия хочет войти в состав России. Однако принятие в состав страны, находившейся в состоянии войны с НАТО, означало бы втягивание в вооруженное противостояние с альянсом.
Милошевичу было отказано. После Белграда Черномырдин отправился в США. Американцы тоже заявляли, что хотят прекратить конфликт, но только при условии ввода НАТО в Косово. В итоге Черномырдину удалось сделать главное: договориться о переводе переговоров под эгиду ООН. Это был важнейший шаг в достижении цели - возвращении переговорного процесса в русло международного права.
10 июня Совет Безопасности ООН принял резолюцию 1244 с планом урегулирования конфликта. Бомбардировки прекратились, в Косово был введен миротворческий контингент из 25-и стран. После успешного завершения переговоров Черномырдин вспоминал: "Лицемерная и позорная война закончилась. Это я считаю главным итогом своей работы". В начале октября 1999-го года миссия спецпредставителя завершилась.