В заключении на внесенный в Государственную Думу законопроект подчеркивается, что все поступления от этого налога зачисляются в бюджеты регионов. При его отмене выпадающие доходы субъектов Федерации составят не менее 160 миллиардов рублей в год.
Депутаты предлагают компенсировать их межбюджетными трансфертами из средств госказны, однако такой способ, отметили в правительстве, не соответствует ряду принципов бюджетной системы, в частности, принципам разграничения доходов и расходов, самостоятельности и сбалансированности бюджетов.
Правительство также не поддержало поправки в Бюджетный кодекс, исключающие транспортный налог из числа источников доходов, зачисляемых в региональные бюджеты и дорожные фонды субъектов Федерации. В заключении кабмина на этот законопроект указано, что депутаты не представили, как это положено, источники финансирования дополнительных расходов федерального бюджета, которые возникнут при компенсации налоговых потерь регионов.